МОЛЕКУЛЯРНОЕ ОКРУЖЕНИЕ ПЕТЛИ СУБДОМЕНА IIIe IRES -ЭЛЕМЕНТА РНК ВИРУСА ГЕПАТИТА С НА 40 S СУБЧАСТИЦЕ РИБОСОМЫ ЧЕЛОВЕКА

© 2006 г . Е. С. Лалетина , Д. М. Грайфер , А. А. Малыгин , И. Н. Шатский , Г. Г. Карпова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Лаврентьева, 8;
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, Москва

Поступила в редакцию 09.06.2005 г. Принята к печати 28.06.2005 г.

Изучено окружение внутреннего сайта посадки рибосомы (IRES-элемента) РНК вируса гепатита С (HCV) в бинарном комплексе с 40S субчастицей рибосомы человека. Для этой цели использованы производные РНК, несущие активируемые мягким УФ-светом перфторфенилазидогруппы на нуклеотиде G87 в домене II и нуклеотиде A296 в петле субдомена IIIe, полученные с помощью комплементарно-адресованной модификации РНК алкилирующими производными олигонуклеотидов. Показано, что ни одно из производных РНК не образует сшивок с 18S рРНК 40S субчастицы. Установлено, что фотоактивируемая группа на нуклеотиде A296 IRES-элемента сшивается с белками S2/S3a, S5 и р40 (S0A) 40S субчастицы. В случае производного РНК с фотоактивируемой группой на нуклеотиде G87 сшивок с белками не наблюдали. Сделан вывод о том, что петля субдомена IIIe IRES-элемента РНК HCV в комплексе с 40S субчастицей расположена на внешней поверхности субчастицы между головой и телом в стороне от “клюва” у входа в мРНК-связывающий канал.

Ключевые слова: 80S рибосома;40 S субчастица; вирус гепатита С, IRES -элемент; фотоаффинное сшивание; рибосомные белки.

Биоорг. химия 2006, 32 (3):311-319