ИССЛЕДОВАНИЕ КАЧЕСТВА АМИНИРОВАННЫХ ПОДЛОЖЕК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ДЛЯ ГИБРИДИЗАЦИОННОГО АНАЛИЗА

© 2007 г. Е. А. Шляпникова^#, Ю. М. Шляпников, В. Н. Афанасьев, Г. В. Афанасьева, А. В. Гаврюшкин, И. П. Белецкий

^#Тел.: 8 (27) 73-91-08; факс: 8 (27) 33-05-53; e-mail: shlyapnikova@iteb.ru

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, 142290, Пущино, Московская область, ул. Институтская, 3

Поступила в редакцию 20.03.2006 г. Принята к печати 11.05.2006 г.

Предложен комплекс методов для анализа качества аминированных подложек, являющихся основой для изготовления биологических микрочипов при их крупномасштабном производстве. Анализ включает определение количества аминогрупп, их доступности для пришивки/иммобилизации фосфорилированных олигонуклеотидов, а также характеристику поверхностных свойств подложек, связанных с неспецифической сорбцией реагентов в процессе гибридизации. Для определения плотности/количества аминогрупп предложена простая методика, основанная на использовании диметокситритилхлорида с последующим спектрофотометрическим определением диметокситритил-катиона. Оценку доступности аминогрупп проводили путем ковалентной пришивки к аминированной поверхности олигонуклеотидного зонда, содержащего флуоресцентно меченную группу, с последующим сравнением интенсивности флуоресценции получаемых на чипе зон. Сорбционные свойства поверхности исследовали с помощью модельной реакции гибридизации. Сравнительный анализ аминированных стекол, производимых различными фирмами и в нашей лаборатории, показал, что для гибридизационного анализа наилучшими свойствами обладают стекла со значением плотности аминогрупп от 0.7 до 2.0 групп/нм², приготовленные по описанной нами методике.

Ключевые слова: ДНК-чипы; гибридизационный анализ; иммобилизация олигонуклеотидов.

Биоорг. химия 2007, 33(2): 261-268