Письмо Редактору

КОНЪЮГАТЫ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С ЛИГАНДАМИ МАЛОЙ БОРОЗДКИ КАК ЗОНДЫ ГИБРИДИЗАЦИОННЫХ МИКРОЧИПОВ

© 2007 г. А. Н. Синяков, Е. В. Костина, Г. А. Максакова, О. А. Батурина, В. А. Рябинин^#

^#Тел.: (3832) 330-46-53, e-mail: ryabinin@niboch.nsc.ru

Новосибирский институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, 8

Поступило в редакцию 12.04.2007 г. Принято к печати 17.04.2007 г.

Изучена возможность использования конъюгатов олигонуклеотидов с лигандами малой бороздки в качестве зондов в гибридизационных микрочипах. Конъюгаты олигонуклеотидов содержали шпилечный лиганд (MGB), состоящий из двух трипирролкарбоксамидных остатков, соединенных остатком аминокапроновой кислоты и связывающийся сайт-специфичным образом с А∙Т-трактом олигонуклеотидного дуплекса. Зондами являлись (5’–3’): GACAAGAp, GACAAAAp, GACAAGA-MGB, GACAAAA-MGB, а олигонуклеотиды, меченные флуоресцентным цианиновым красителем Су3 – Cy3-ACTAATTTTGTC и Cy3-ACTAATCTTGTC, использовались как мишени. Показано, что для дуплекса, содержащего в сайте связывания с лигандом только A∙T-пары, влияние MGB на уровень флуоресценции спотов микрочипа является максимальным и приводит к его четырехкратному увеличению по сравнению с исходным немодифицированным дуплексом. Наличие в сайте связывания A∙C- и G∙T-мутаций (несовершенные дуплексы) или G∙C-пары (совершенный дуплекс) сказывается на изменении уровня флуоресценции в существенно меньшей степени.

Ключевые слова: лиганд малой бороздки; микрочип; точечные мутации, SNP, конъюгаты, олигонуклеотиды.

Биоорг. химия 2007, 33(5): 571-573