Письмо Редактору

TaqMan-ЗОНДЫ НА ОСНОВЕ КОНЪЮГАТОВ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ И ШПИЛЕЧНЫХ МАЛОБОРОЗДОЧНЫХ ЛИГАНДОВ

© 2007 г. Е. В. Костина^#, В. А. Рябинин, Г. А. Максакова, А. Н. Синяков

^#Тел.: (3832) 330-46-52; e-mail: kostinaelena@mail.ru

Новосибирский институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, 8

Поступило в редакцию 30.05.2007 г. Принято к печати 01.06.2007 г.

Для дискриминации точечных мутаций методом ПЦР в реальном времени предложены гибридизационные TaqMan-зонды на основе олигонуклеотидов, содержащих флуорофор (флуоресцеин – FAM или тетраметилродамин – Tamra) и тушитель флуоресценции (BHQ1 или BHQ2), а также конъюгированный шпилечный лиганд (MGB), состоящий из двух трипирролкарбоксамидных остатков, соединенных остатком аминомасляной кислоты. На примере субтипов 1а и 1b вируса гепатита С показана высокая специфичность определения точечной A/C-замены с использованием двух вариантов зонда (5’–3’): Tamra-ATTGAGCGGGTTTAp-BHQ2–MGB для определения субтипа 1а и FAM-ATTGAGCGGGTTGAp-BHQ1–MGB для определения субтипа 1b. Для совершенных дуплексов (A∙T- или G∙C-пара) наблюдается прирост флуоресценции в процессе амплификации, тогда как для несовершенных дуплексов (A∙G- и T∙C-пары) изменения уровня флуоресценции не происходит, что позволяет проводить одновременное генотипирование субтипов 1а и 1b вируса гепатита C.

Ключевые слова: ПЦР в реальном времени, гибридизационные зонды, лиганд малой бороздки, точечные мутации, конъюгаты, олигонуклеотиды.

Биоорг. химия 2007, 33(5): 661-663