ОКРУЖЕНИЕ 3’-КОНЦА тРНК В А- И Р-УЧАСТКАХ 80S РИБОСОМЫ

^#Тел.: (383) 335-62-29; e-mail: karpova@niboch.nsc.ru

*Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Лаврентьева, 8;
**Институт Жака Моно, УМР 7592 ЦНРС-Университет Парижа 7-Париж 6, Париж, Франция

Поступила в редакцию 09.04.2007 г. Принята к печати 27.04.2007 г.

С помощью аналога тРНК^Asp с остатком 4-тиоуридина (s⁴U), присоединенным к 3’-концевому аденозину, изучено окружение 3’-конца тРНК в А- и Р-участках 80S рибосомы. Аналог тРНК^Asp получали с помощью Т7-транскрипции in vitro с последующим присоединением [³²P]ps⁴Up и удалением 3’-концевого фосфата. Показано, что присутствие дополнительного нуклеотидного остатка на 3’-конце тРНК не препятствует ее кодонзависимому связыванию в А- и Р-участках 80S рибосомы. Облучение мягким УФ-светом комплексов рибосом с короткой мРНК, содержащей кодоны Phe и Asp, и аналогом тРНК в Р- или А-участке приводило к сшивке аналога исключительно с 28S рРНК. Сшивка полностью зависела от наличия s⁴U в составе аналога тРНК. С помощью гидролиза модифицированной 28S рРНК РНКазой Н в присутствии дезоксиолигомеров, комплементарных различным последовательностям рРНК, показано, что участок сшивки аналога находится во фрагменте 4302–4540 28S рРНК. Этот фрагмент является эволюционно консервативным и входит в состав домена V, который в рибосомах прокариот вовлечен в формирование пептидилтрансферазного центра. С помощью обратной транскрипции установлено, что аналог тРНК в Р-участке сшивается с нуклеотидами U4461 и U4502, а в А-участке – с U4469 и C4507; кроме того, для обоих участков наблюдали сшивку с C4462. Анализ полученных результатов позволил сделать вывод о том, что окружение 3’-концов тРНК в рибосомах прокариот и эукариот в основном сходно.

Ключевые слова: 80S рибосома, пептидилтрансферазный центр; аналог тРНК с остатком 4-тиоуридина, фотоаффинное сшивание с 28S рРНК.

Биоорг. химия 2008, 34(1): 96-106