ИССЛЕДОВАНИЕ МЕТОДОМ ЯМР СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ ХИМЕРНОГО ВАРИАНТА SH3 ДОМЕНА («SHA-БЕРЖЕРАК»)

© 2008 г. Д. А. Прохоров*, М. А. Тимченко*, Ю. А. Кудреватых*, Д. В. Федюкина*, Л. В. Гущина**, В. С. Христофоров*, В. В. Филимонов**, В. П. Кутышенко*^#

^#Тел.: (4967) 73-92-26; факс: (4967) 33-05-53; e-mail: kutyshenko@rambler.ru

*Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, 142290, Пущино Московская обл.;
**Институт белка РАН, Пущино, Московская обл.

Поступила в редакцию 12.11.2007 г. Принята к печати 28.12.2007 г.

Методом ЯМР высокого разрешения проведено структурно-динамическое исследование одного из химерных белков (SHA) семейства «SH3-Бержерак», у которого β-поворот N47D48 в спектриновом SH3-домене заменен на последовательность KATANGKTYE. На основе данных ЯМР определена пространственная структура белка и исследована его динамика в растворе. Удлинение полипептидной цепи SHA по сравнению с исходным белком WT-SH3 (~17%) практически не отражается на общей топологии молекулы. В районе вставки подтверждено наличие стабильной β-шпильки, которая, как оказалось, имеет большую подвижность по сравнению с другими участками белка.

Ключевые слова: SH3-домен, белок «SHA-Бержерак», пространственная структура, динамика, ЯМР.

Биоорг.химия 2008, 34 (5): 645-653