ФРАГМЕНТЫ БЕЛКА S3, СОСЕДСТВУЮЩИЕ С мРНК В РИБОСОМЕ ЧЕЛОВЕКА ПРИ ЭЛОНГАЦИИ И ТЕРМИНАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ

© 2008 г. Ю. С. Хайрулина*, М. В. Молотков*, К. Н. Булыгин*, Д. М. Грайфер*, А. Г. Веньяминова*, Л. Ю. Фролова**, И. Шталь***, Г. Г. Карпова*^#

^#Тел.: (383) 335-62-29; e-mail: karpova@niboch.nsc.ru

*Институт химической биологии и фундаментальной медицины CО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, 8;
**Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Москва;
***Макс-Дельбрюк-Центр молекулярной медицины (МДЦ), Берлин-Бух, Берлин, Германия

Поступила в редакцию 26.11.2007 г. Принята к печати 28.01.2008 г.

Определены фрагменты белка S3, сшивающиеся с модифицированными нуклеотидами аналогов мРНК в положениях от +5 до +12 (относительно первого нуклеотида кодона в Р-участке рибосомы) в модельных комплексах, имитирующих состояния рибосом на стадиях элонгации и терминации трансляции. Аналоги мРНК содержали на 5’-конце фенилаланиновый кодон UUU/UUC, позволяющий задавать положение мРНК на рибосоме с помощью связывания в Р-участке тРНК^Phe, и перфторфенилазидогруппу на нуклеотиде в различных положениях с 3’-стороны от кодона UUU/UUC. Модифицированный белок S3 выделяли из облученных мягким УФ-светом комплексов 80S рибосом с аналогами мРНК и подвергали специфическому гидролизу бромцианом. Анализ модифицированных олигопептидов, образующихся в результате расщепления, показал, что в зависимости от положения модифицированного нуклеотида в аналоге мРНК участки сшивок расположены в N-концевой половине белка (фрагмент 2–127) и/или в C-концевом фрагменте 190–236, сшивка с которым отражает новую, неизвестную ранее черту строения мРНК-связывающего центра рибосом. Результаты сшивок не зависели от типа кодона в А-участке и присутствия фактора терминации трансляции eRF1.

Ключевые слова: рибосома, фотоаффинная модификация, эукариоты, аналог мРНК, мРНК-связывающий центр, рибосомный белок S3.

Биоорг.химия 2008, 34 (6): 773-780