ПРОТЕОМНЫЙ АНАЛИЗ МИТОХОНДРИЙ СЕРДЦА Bos taurus. I. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДОВ ПРОТЕОМИКИ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ТРАНСМЕМБРАННЫХ ДОМЕНОВ БЕЛКОВ ВНУТРЕННЕЙ МЕМБРАНЫ МИТОХОНДРИЙ

© 2009 г. Н. Б. Поляков*, К. В. Барылюк**, В. Е. Франкевич***, В. А. Гринкевич**^#

^#Тел.: (495) 939-12-68; e-mail: grin@soil.msu.ru

*Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Москва;
**Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический факультет, кафедра биоорганической химии, 119992, Москва, Воробьевы горы, стр. 1, корп. 12;
***Институт энергетических проблем химической физики РАН, Москва

Поступила в редакцию 27.03.2008 г. Принята к печати 01.07.2008 г.

Работа представляет собой часть широкомасштабного исследования протеома митохондрий сердечной мышцы Bos taurus. В рамках разработанного нами подхода уменьшения сложности белковой смеси при помощи разделения митохондрий на стабильные по белковому составу фракции на первом этапе были выделены и очищены внутренние мембраны митохондрий. Проведен анализ белкового состава данной фракции с помощью протеомных методов, включающих в себя энзиматическое и/или химическое расщепление белков выделенного образца, хроматографическое фракционирование сложной смеси образовавшихся пептидов, масс-спектрометрическую идентификацию пептидов и поиск белков по базам данных аминокислотных последовательностей. Достоверно идентифицировано 147 уникальных белков с использованием базы данных SwissProt, для которых проанализирована субклеточная локализация и функции. Предложены подходы получения информации о трансмембранных участках интегральных мембранных белков внутренней мембраны митохондрий с помощью протеомных методов анализа. Показано значительное совпадение экспериментальных данных с результатами решения трехмерной структуры белков методом рентгеноструктурного анализа.

Ключевые слова: митохондрии, протеомика, масс-спектрометрия, интегральные мембранные белки, топология мембранных белков.