Обзорная статья

АНАЛИЗ ТРАНСКРИПТОМОВ ПАТОГЕННЫХ БАКТЕРИЙ В ИНФИЦИРОВАННОМ ОРГАНИЗМЕ: ПРОБЛЕМЫ И СПОСОБЫ ИХ РЕШЕНИЯ

© 2010 г. Т. А. Скворцов, Т. Л. Ажикина^#

^#Тел.: 495-330-65-47; факс: 495-330-65-38; e-mail: tatazhik@ibch.ru

Учреждение Российской академии наук Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, 117997 ГСП, Москва, В-437, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Поступила в редакцию 19.02.2010 г. Принята к печати 07.04.2010 г.

Обзорная статья посвящена современной стратегии полнотранскриптомных исследований внутриклеточных патогенов в системах in vivo. Подробно рассматриваются методы предварительного обогащения РНК бактериальной фракцией, в том числе методы, основанные на гибридизационных принципах, способы синтеза кДНК с учетом особенностей прокариотической РНК, а также методы анализа обогащенной фракции бактериальной кДНК, в частности активно развивающийся метод широкомасштабного параллельного секвенирования (RNA-seq). В качестве иллюстраций обсуждаемых методов приведены примеры анализа транскриптома Mycobacterium tuberculosis в различных условиях инфицирования, в клеточных линиях, пораженных тканях модельных животных и хирургических образцах легких и продемонстрированы преимущества и ограничения обсуждаемых методов.

Ключевые слова: бактериальный патоген; бактериальная РНК; транскриптом; Mycobacterium tuberculosis; RNA-seq.