Письмо Редактору

ПОДГОТОВКА кДНК ПРОКАРИОТ ДЛЯ ШИРОКОМАСШТАБНОГО АНАЛИЗА ТРАНСКРИПТОМА

©2011 г. Е. А. Богданова*, И. А. Шагина**, Ю. Г. Янушевич**, Л.Л. Вагнер*^,**, С. А. Лукьянов*^#, Д. А. Шагин*^,**

^#Тел./факс: (495) 988 4086 доб. 730; e-mail: shagdim@evrogen.ru

*Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН,

**ЗАО Евроген, 117997, Москва, ГСП, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Поступило в редакцию 31.05.2011 г. Принята к печати 01.06.2011 г.

Высокое содержание некодирующих РНК в суммарной РНК бактерий существенно затрудняет анализ их транскриптома с помощью стандартных подходов (полномасштабное секвенирование, анализ профилей экспрессии генов, вычитающая гибридизация). Предложен метод приготовления кДНК бактерий для анализа транскриптома, включающий удаление избытка копий тРНК и кДНК при сохранении относительной представленности транскриптов. Метод основан на кинетике гибридизации ДНК и уникальных свойствах дуплекс-специфической нуклеазы камчатского краба. эффективность метода подтверждена в ряде модельных экспериментов.

Ключевые слова: бактериальный транскриптом, дуплекс-специфическая нуклеаза, удаление рибосомальной РНК, вычитающая гибридизация

Биоорг.химия 2011, 37 (6): 854-857