ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ВОЗМОЖНОСТИ И ОГРАНИЧЕНИЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПЕРВИЧНОЙ СПЕЦИФИЧНОСТИ ПРОТЕИНАЗ СТАТИСТИЧЕСКИМ АНАЛИЗОМ МАЛДИ-МАСС-СПЕКТРОВ ПРОДУКТОВ ПРОТЕОЛИЗА

^#Тел.: +7-(495)-939-34-17, факс: +7-(495)939-54-17; e-mail: eremeev@enzyme.chem.msu.ru

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Москва 119991, Ленинские Горы, д.1, стр.3

Поступила в редакцию 17.06.2011 г. Принята к печати 01.07.2011 г.

Теоретически исследованы возможности и ограничения метода изучения первичной специфичности протеолитических ферментов, заключающегося в статистическом анализе масс-спектров МАЛДИ (матрично активированная лазерная десорбция-ионизация) продуктов протеолиза белковых субстратов и не требующего прямого определения аминокислотной последовательности этих продуктов. Выбраны оптимальные диапазоны задаваемых ошибок измерения масс пептидов для получения статистического набора произошедших событий и форма представления статистических данных. Показано, что предлагаемый метод может быть применен лишь для протеиназ с относительно узкой первичной специфичностью (две-три аминокислоты). На примере трипсина, химотрипсина, глутамилэндопептидазы, пепсина (рН 1.3) исследовано влияние молекулярной массы и аминокислотного состава белка-субстрата на эффективность выявления специфичных для конкретной протеиназы аминокислот при статистической обработке набора масс в масс-спектре МАЛДИ продуктов протеолиза.

Ключевые слова: протеолитические ферменты, первичная специфичность; масс-спектрометрия, матрично активированная лазерная десорбция-ионизация (МАЛДИ).