ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА ДИМЕРНОЙ ФОРМЫ ГЕННО3ИНЖЕНЕРНОГО ВАРИАНТА ЗЕЛЕНОГО ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА EGFP-K162Q В КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ГРУППЕ P6₁

© 2014 г. Н. В. Плетнева*^{, #}, С. В. Плетнев**, А. М. Богданов*, Е. А. Горячева*, И. В. Артемьев*, Е. А. Суслова*, С. Ф. Архипова*, В. З. Плетнев*^{, #}

^#Тeл.: +7 (495) 330-75-10, e-mail: vzpletnev@gmail.com; nadand@mail.ru

*ФГБУН Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, 117997, Москва, ГСП\7, ул. Миклухо\Маклая, 16/10
**Центр синхротронного излучения, Национальный институт рака, Аргонн, Иллинойс, США

Поступила в редакцию 20.12.2013 г. Принята к печати 29.01.2014 г.

Методом рентгеноструктурного анализа установлена пространственная структура димерной формы зеленого флуоресцентного белка EGFP-K162Q с С-концевой делецией MDELYK (EGFPv) в кристаллической пространственной группе P6₁ при разрешении 1.34 Ǻ. Результаты сопоставлены с данными рентгеноструктурных исследований мономерной формы EGFP (зеленого биомаркера с улучшенными фотофизическими свойствами) в другой кристаллической группе P2₁2₁2₁ при разрешении 1.50 и 1.35 Ǻ [1, 2]. Субъединицы в димерной структуре EGFPv располагаются под углом 75° с площадью контакта ~800 Ǻ². Димерное образование стабилизируется шестью водородными связями и центральным гидрофобным ядром из шести остатков. Среднеквадратичное отклонение С^α-атомов аминокислотных остатков 3–230 в кристаллических структурах Р6₁ и P2₁2₁2₁ составляет 0.55 Ǻ. Отличительной особенностью структуры EGFPv-Р6₁, по сравнению с EGFP-P2₁2₁2₁, является заметно иная ориентация боковой цепи Glu222, а также новая конформация петлевого участка 155–159 с отклонениями между С^α-атомами совмещенных структур, достигающими у Lys156 – 4.6 Ǻ и у Lys158 – 5.5 Ǻ.

Ключевые слова: GFP подобные белки, EGFP, зеленый флуоресцентный белок, хромофор, пространственная структура, рентгеноструктурный анализ.

Биоорг. химия 2014, 40 (4): 414-420