IN VITRO-СЕЛЕКЦИЯ 2'-F-МОДИФИЦИРОВАННЫХ РНК-АПТАМЕРОВ, ПРОНИКАЮЩИХ ВНУТРЬ БАКТЕРИАЛЬНЫХ КЛЕТОК PSEUDOMONAS AERUGINOSA¹

© 2017 г. А. С. Давыдова^#, М. А. Воробьева, М. Р. Кабилов, Н. В. Тикунова, Д. В. Пышный, А. Г. Веньяминова

^#Тел.: +7 (383) 363-51-29; эл. почта: anna.davydova@niboch.nsc.ru

Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию 15.06.2016 г. Принята к печати 28.06.2016 г.

Инфекции бактериальной и вирусной природы являются основной причиной заболеваемости и смертности во всем мире. Разработка новых антибактериальных препаратов и средств диагностики патогенных микроорганизмов представляет собой чрезвычайно актуальную задачу. Перспективный путь ее решения состоит в использовании ДНК- и РНК-аптамеров, направленных на определенные бактерии. В работе предложен новый протокол отбора 2'-фтор-РНК-аптамеров, способных проникать внутрь бактериальных клеток. Методом SELEX с использованием в качестве мишени для отбора культуры бактерий Pseudomonas aeruginosa получена обогащенная библиотека 2'-фтор-РНК, проведено ее секвенирование и анализ данных. Показано, что центральный фрагмент преобладающей в библиотеке аптамерной последовательности совпадает с фрагментом 16S рРНК. Продемонстрирована способность полученного аптамера проникать в клетки P. aeruginosa. Высказано предположение о проникновении аптамеров в бактерии в виде гетеродимерных комплексов.

Ключевые слова: РНК-аптамеры, 2'-фтор-РНК, селекция in vitro, проникающие аптамеры, аптамеры к бактериям.

__________________________

¹Статья публикуется по материалам сообщения, представленного на конференции “Химическая биология-2016”; г. Новосибирск, 24–29 июля 2016 г.

Биоорг. химия 2017, 43 (1): 68-74