КОНФОРМАЦИОННЫЕ ПЕРЕХОДЫ НА 3D-МОДЕЛИ БЫЧЬЕЙ ТЕСТИКУЛЯРНОЙ ГИАЛУРОНИДАЗЫ ПРИ МОЛЕКУЛЯРНОМ ДОКИНГЕ С ГЛИКОЗАМИНОГЛИКАНОВЫМИ ЛИГАНДАМИ

*Тел.: +7 (495) 414–60–25; эл. почта: alex.v.maks@mail.ru

Институт экспериментальной кардиологии, Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии Министерства здравоохранения Российской Федерации, 121552 Москва, 3-я Черепковская ул., 15А

Принята к печати 19.10.2017 г. Поступила в редакцию 09.10.2017 г.

DOI: 10.7868/S0132342318020057

Выполнение методами вычислительной химии молекулярного докинга 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы in silico с тримером повторяющегося звена хондроитинсульфата (сульфатированным гексасахаридом) и тетрамером повторяющегося звена гепарина (сульфатированным октасахаридом) продемонстрировало наличие восьми значимых центров связывания этих лигандов (cs1-cs8). Теоретически расчетными приемами было исследовано взаимодействие активного центра фермента с гепариновым лигандом, инактивирующим фермент, и защитное действие хондроитинсульфатных лигандов, присоединенных по поверхностным центрам молекулы биокатализатора. Последовательно были определены критичные для стабилизации белковой структуры центры присоединения хондроитинсульфатных лигандов (по позициям cs2, cs4, cs7 и cs8 или cs1, cs2, cs4, cs7 и cs8), занятость которых теоретически достаточна для предотвращения необратимых деформаций молекулы фермента при введении гепаринового лиганда в полость его активного центра. Теоретическое обнаружение указанных «точек чувствительности» на глобуле гиалуронидазы указывает на возможность регуляции её функционирования при присоединении гликозаминогликановых лигандов, инициирующих тонкое формирование эффективного вида поверхностного электростатического потенциала. Взаимодействие гликозаминогликановых лигандов с гиалуронидазой обусловлено, главным образом, электростатическими силами.

Ключевые слова: бычья тестикулярная гиалуронидаза, пространственная структура, гликозаминогликановые лиганды, хондроитинсульфат, гепарин, докинг, поверхностный электростатический потенциал белка, регуляция функционирования фермента.

Биоорг. химия 2018, 44 (2): 147-157