ОПТИМИЗАЦИЯ УСЛОВИЙ ПЕПТИДОМНОГО АНАЛИЗА ПЛАЗМЫ КРОВИ

*Тел.: +7 (926) 388-75-61; эл. пота: rustam.ziganshin@gmail.com

ФГБУН Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, 117997, г. Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Принята к печати 02.11.2017 г. Поступила в редакцию 31.10.2017 г.

DOI: 10.7868/S013234231803003X

Оптимизированы условия пептидомного анализа плазмы крови и проведено сравнение эффективности предложенного подхода с описанными в литературе методами. При идентификации эндогенных пептидов плазмы крови перед исследователями возникают две основные задачи: как инактивировать содержащиеся в плазме крови протеазы и как отделить пептиды от мажорных белков плазмы крови, с которыми они прочно и количественно ассоциированы. Для решения этих задач нами предложен новый метод пробоподготовки. Суть метода заключается в денатурации белков плазмы крови дезоксихолатом натрия при нагревании в присутствии трис(2-карбоксиэтилфосфина) и 2-хлороацетамида, которые восстанавливают и ацилируют тиоловые группы Cys в белках. При денатурации белков дезоксихолатом натрия происходит также инактивация протеолитических ферментов и десорбция пептидов с поверхности белков. После отделения пептидов от белков ультрафильтрацией на микроцентрифужных фильтрах и удаления дезоксихолата натрия пептиды идентифицируют методом LC-MS/MS с использованием масс-спектрометра Q Exactive HF (Thermo Scientific). В результате одного LC-MS/MS-анализа пептидной смеси, полученной из ~15 мкл плазмы крови, было идентифицировано 2257 пептидных фрагментов 867 белков, что по количеству идентифицированных пептидов в 1.5 раза превышает показатели, достигнутые нами при использовании наиболее эффективного из описанных в литературе подходов – метода дифференциальной солюбилизации. В ближайшие наши планы входит использование разработанного нами подхода для каталогизации пептидов плазмы крови человека, а также установления величины межиндивидуальной вариабельности и связанных с полом и возрастом особенностей компонентного состава её пептидома.

Ключевые слова: плазма крови, анализ пептидома, методы пробоподготовки, пептидом, хромато-масс-спектрометрия.

Биоорг. химия 2018, 44 (3): 278-286