ИЗМЕНЕНИЕ ПРОТЕОМНОГО ПРОФИЛЯ E. COLI ПРИ УДАЛЕНИИ ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ГИСТОНОПОДОБНЫЙ БЕЛОК HU: ПО ДАННЫМ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОГО ДВУМЕРНОГО ГЕЛЬ-ЭЛЕКТРОФОРЕЗА

© 2019 г. Д. Э. Камашев*^, **^{, #}, Т. В. Ракитина*^, ***, Д. С. Матюшкина****, Д. В. Евсютина****, А. А. Ванюшкина****, Ю. К. Агапова***, В. Е. Анисимова**, А. Л. Дробышев**, И. О. Бутенко****, О. В. Побегуц****, Г. Ю. Фисунов****

^#Эл. почта: dkamashev@gmail.com

*Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/1;
**ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М.Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский университет), Россия, 119146, Москва, Большая Пироговская ул., 19с1;
***ФГБУ НИЦ “Курчатовский институт”, Россия, 123098, Москва, пл. Академика Курчатова, 1;
**** ФГБУ Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины федерального медико-биологического агентства, Россия, 119435, Москва, Малая Пироговская ул., д. 1а

Поступила в редакцию 05.03.2019 г. После доработки 08.04.2019 г. Принята к публикации 13.05.2019 г.

DOI: 10.1134/S0132342319050026

Гистоноподобный белок HU принадлежит к семейству белков, ассоциированных c бактериальным нуклеоидом (nucleoid associated proteins, NAPs) и является наиболее консервативным белком этого семейства. Он неспецифически связывает двуцепочечную ДНК и предпочтительно связывает ДНК,имеющую разрывы и изгибы. Белок HU пределяет архитектуру бактериального нуклеоида; его удаление ведет к потере жизнеспособности бактерий Bacillus subtilis и Mycoplasma genitalium, у которых отсутствуют другие белки семейства NAPs. Влияние белка HU на экспрессию генов известно из транскриптомных исследований, в которых были определены его регулоны. Генетическая делеция белка HU вызывает нарушение регуляции экспрессии генов в E. coli, при этом скорость роста бактерии в стандартных условиях почти не изменяется. Для того, чтобы понять, как бактерия противостоит беспорядочной экспрессии генов, мы предприняли сравнительный протеомный анализ клеток E. coli дикого типа и клеток, нокаутных по генам, кодирующим белок HU. Методом двумерного гель-электрофореза установлено, что в целом белковый профиль следует изменению профиля экспрессии генов. В то же время, обнаружено, что в некоторых случаях уровень экспрессии генов и представленность кодируемых белков меняются разнонаправленно, что указывает на необходимость дополнения транскриптомного анализа результатами протеомных исследований.

Ключевые слова: гистоноподобный белок, сравнительный протеомный анализ, дифференциальный двумерный гель-электрофорез, регуляция экспрессии

Биоорг. химия 2019, 45 (5): 524-533