ИДЕНТИФИКАЦИЯ И ХАРАКТЕРИСТИКА микроРНК Batrachuperus karlschmidti C ПОМОЩЬЮ ПЛАТФОРМЫ ГЛУБОКОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ILLUMINA¹

^#Тел.: +86 379-62480319; эл. почта: huangyong1979111@126.com

*College of Animal Science and Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang, 471023 China

Поступила в редакцию 29.04.2019 г. После доработки 29.07.2019 г. Принята к публикации 18.11.2019 г.

DOI: 10.31857/S0132342320020207

МикроРНК играют критически важную роль в регуляции многих биологических процессов в эукариотах. Batrachuperus karlschmidti – вид саламандр под угрозой вымирания, эндемичный для Китая, который привлек внимание в силу его высокой ценности для палеонтологии и эволюционной истории, а также снижающейся численности популяции. Большая часть микроРНК была обнаружена в животных, однако микроРНК B. karlschmidti ранее не изучались. В данной работе с помощью технологии глубокого секвенирования идентифицированы и проанализированы микроРНК B. karlschmidti. Всего получено 13377954 прочтения. Из них 2724630 уникальных прочтений соответствуют 866 известным и трем новым микроРНК. Все идентифицированные микроРНК были подтверждены с помощью метода ОТ-ПЦР шпилек. Дополнительно 5452 кандидатов генов-мишеней были предсказаны. Анализ терминов GO и KEGG показал, что большинство мишеней задействованы в широком спектре биологических и метаболических процессов. Также результаты свидетельствуют о том, что некоторые из генов-мишеней являются факторами транскрипции, которые могут быть связаны с адаптацией к экологическим условиям. В целом, полученные результаты представляют собой первый крупномасштабный анализ микроРНК B. karlschmidti. Характеристика микроРНК B. karlschmidti вносит вклад в понимание сложной роли микроРНК-зависимых регуляторных сетей в экспрессии генов для регуляции разнообразных биологических процессов и значительно облегчает дальнейшие исследования микроРНК этого вида.

Ключевые слова: Batrachuperus karlschmidti, микроРНК, глубокое секвенирование, мишень
_____________________
¹ Полный текст статьи печатается в английской версии журнала.

Биоорг. химия 2020, 46 (2): 180