ОДНОВРЕМЕННОЕ ПРИМЕНЕНИЕ Cy5-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ПРОИЗВОДНЫХ ДЕЗОКСИУРИДИНА И ДЕЗОКСИЦИТИДИНА В ПЦР

© 2020 г. С. А. Лапа*^{, #}, Т. О. Гусейнов*, А. С. Павлов*, В. Е. Шершов*, В. Е. Кузнецова*, А. С. Заседателев*, А. В. Чудинов*

^#Тел.: +7 (495) 135-98-00; факс: +7 (495) 135-14-05; эл. почта: lapa@biochip.ru

*ФГБУН Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, Москва, ул. Вавилова, 32

Поступила в редакцию 23.12.2019 г. После доработки 26.12.2019 г. Принята к публикации 31.12.2019 г.

DOI: 10.31857/S0132342320040168

Изучены особенности одновременного встраивания в растущую цепь ДНК модифицированных Cy5-дезоксиуридинов (Cy5-dU) и дезоксицитидинов (Cy5-dC) в ПЦР с Taq ДНК-полимеразой. Исследования проводили для попарного встраивания нуклеотидов, модифицированных флуорофорами, обладающими суммарным положительным, нейтральным и отрицательным зарядом. Варьировали долю модифицированых дезоксинуклеозидтрифосфатов (Cy5-dUTP и Cy5-dCTP) к природным аналогам (dTTP и dCTP) от 0 до 100% каждого в реакции, т.е. до полного замещения. Проводили сравнение с индивидуальным встраиванием соответствующих модифицированных производных. Пары (Cy5-dU + Cy5-dC) применяли для амплификации фрагментов бактериальных геномов длиной 126, 283 и 370 пар оснований. Увеличение длины амплифицируемого фрагмента ДНК снижало выход продукта при использовании Cy5-модифицированных нуклеотидов в выбранных условиях амплификации. Электроотрицательные Cy5-dNTPs проявляли наименьший ингибирующий эффект на ПЦР, в то время как электронейтральные – обеспечивали большую плотность встраивания меток в растущую цепь ДНК.

Ключевые слова: модифицированные дезоксинуклеозидтрифосфаты, индодикарбоцианиновые красители, ПЦР

Биоорг. химия 2020, 46 (4): 418-424