МЕТОД ТЕРМИЧЕСКОЙ ДИССОЦИАЦИИ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ СЕЛЕКЦИИ ДНК-АПТАМЕРОВ

© 2020 г. С. А. Лапа*^{, #}, В. Е. Шершов*, Г. С. Краснов*, О. С. Волкова*, В. Е. Кузнецова*, С. П. Радько**, А. С. Заседателев*, А. В. Чудинов*^, **

^#Тел.: +7 (495) 135-98-00; факс: +7 (495) 135-14-05; эл. почта: lapa@biochip.ru

*ФГБУН Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, Москва, ул. Вавилова, 32;
**ООО “ИБМХ-ЭкоБиоФарм”, Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10, стр. 8

Поступила в редакцию 18.12.2019 г. После доработки 25.12.2019 г. Принята к публикации 29.12.2019 г.

DOI: 10.31857/S0132342320040156

Разработан метод термической диссоциации комплексов ДНК/мишень (ТДА) для отбора аптамеров к альфа-фетопротеину человека. Метод основан на выявлении наиболее специфичных к мишени ДНК-олигонуклеотидов из комбинаторной ДНК-библиотеки, оставшихся в форме комплекса с мишенью после проведения двух стадий: а) отмывки несвязавшихся последовательностей и б) снятия с мишени связавшихся ДНК-последовательностей, но обладающих низким сродством к ней. После этого проводится термическая диссоциация оставшихся наиболее устойчивых комплексов и вовлечение соответствующих олигонуклеотидов в следующие раунды селекции. Показано более интенсивное обогащение библиотеки с использованием предложенного метода по сравнению со стандартной отмывкой. Благодаря созданию более жестких условий отмывки связавшихся с мишенью ДНК-олигонуклеотидов, использование термической диссоциации способно увеличивать эффективность получения высокоспецифичных аптамеров к их молекулярным мишеням.

Ключевые слова: ДНК-аптамеры, альфа-фетопротеин человека, термическая диссоциация аптамеров

Биоорг. химия 2020, 46 (4): 411-417